Tento termín sa však používa z iných dôvodov. Dôvodom pomenovania nie je jeho farba (v skutočnosti je to oranžová kvôli jednoduchšiemu hľadaniu v teréne v prípade leteckej katastrofy), ale to, že prvé zapisovače zaznamenávali na fotografický film tenkým svetelným lúčom a vnútro prístroja bolo čierne – od tých čias je to synonymum letového zapisovača. Pri realizácii projektu riadiaceho systému, tvorbe programu a analýze procesov možno väčšinou za čiernu skrinku považovať fyzikálne procesy. Nezaujíma nás celkové správanie procesu, ale len reakcie na určité vstupy a podnety. V rámci sústavy sa stretávame s ďalším článkom, ktorý je vhodné nahradiť termínom čierna skrinka, a to je človek, presnejšie ľudská myseľ.
V tomto prípade tiež treba analyzovať, ako bude reagovať pri určitých stavoch zariadenia. Treba počítať s tým, že sa tento článok sústavy vymieňa, napríklad pri viaczmennej prevádzke. Je to veľmi citlivý prvok, ktorý reaguje na vonkajšie a vnútorné podnety, často nesúvisiace priamo s riadením sústavy. Riadiaci systém je pravým opakom čiernej skrinky; kombináciám vstupov zodpovedajú kombinácie výstupov, presne definované v programe. V softvérovom inžinierstve sa používa pojem týkajúci sa testovania funkčnosti, kde je známy kód – testovanie bielej skrinky. Pre úplnosť existuje aj testovanie sivej skrinky, čo je kombinácia spomenutých dvoch typov, čiernej a bielej. Termín biela skrinka by sa dal teda použiť na pomenovanie naprogramovaného PLC.
Avšak neznalosť toho, ako riadiaci systém pracuje, dáva priestor presunúť ho do kategórie opačnej. PLC sa často vníma ako čierna skrinka samovoľne blikajúca v rozvádzači, dokonca sa jej pri niektorých výrobcoch približuje aj farbou. Prisudzujú sa jej niekedy vlastnosti blízke tým ľudským, ako že napríklad občas „zblbne“, alebo sa preceňujú jej možnosti; pripisuje sa jej zodpovednosť za chyby, ktoré neriadi, len z nich preberá informácie, pretože prvé miesto, kde sa chyba zobrazí, je riadiaci systém. Niekedy sa vedome pripíše jednoznačné zlyhanie obsluhy na účet riadiaceho systému a aj v takomto prípade poslúži nám ľuďom. Kategóriu čiernych skriniek teda vyhráva ľudská myseľ, je najmenej prebádaná, nikto zatiaľ nepozná jej kód, avšak jej analýza zasahuje do úplne iných oblastí, ako je zameraný tento časopis.